1935年1月的遵义会议上，毛泽东在党和红军中的领导地位被确立。中央红军在继续北上长征的路上于四川俄界召开会议，将红一军团、红三军团、军委纵队改编为中国工农红军陕甘支队，司令员为彭德怀政治委员由毛泽东担任。同时由毛泽东、周恩来、彭德怀、林彪、王稼祥组成五人团，进行军事领导。会议还根据毛泽东的讲话精神，作出了《关于张国焘同志的错误的决定》。这个决定当时没有公布，但为处理和解决张国焘的问题奠定了基础。

中央红军到达甘南的哈达铺时，找到一些《山西日报》，上面写着阎锡山的晋军进攻陕北红军刘志丹的消息。当毛泽东得知陕北还有一块革命根据地时，简直是喜出望外。他当即召开团以上干部会议，决定首先到陕北去。1935年10月19日，中共中央率领中央红军到达陕北吴起镇(当时为陕北根据地赤安县属地)。10月21日，毛泽东亲自指挥了“切尾巴”战斗，彻底打跨了尾追红军进入苏区的敌人，给西北苏区人民送了一份丰厚的见面礼。

10月22日，毛泽东在给中央政治局的报告中指出陕甘支队自俄界出发已走二千里，到达这一地区的任务已经完成。现在全国革命的总指挥部到这里，成为反革命进攻的中心。”他认为敌人的围追堵截告一段落，现在是敌人的“围剿”。我们的任务是保卫和扩大陕北苏区，以陕北苏区领导全国革命。因此，要极大地注意同西北同志的关系，团结一致，加强领导，粉碎敌人的“围剿。”

在10月27日的中央政治局常委会上，对政治局常委作了新的分工:毛泽东负责军事工作。周恩来负责中央组织局和后方军事工作。秦邦宪负责苏维埃工作。中央红军到达陕北，找到了落脚点。中央为了巩固和扩大根据地，把中国革命的大本营放在西北，采取了一系列强有力的措施。一是毛泽东率领的中央红军和红十五军团胜利会师后(由原西北红军和红二十五军改编)，11月3日，中央政治局在陕北甘泉的下寺湾召开会议，确定在当月内粉碎敌人对西北根据地的第三次“围剿”，决定恢复红一方面军的建制，下辖红一军团、红十五军团。并决定军事工作由毛泽东负责，成立西北军事委员会，主席毛泽东，副主席周恩来、彭德怀。全军五个师又四个团，一万多人，开赴前线准备战斗。中央机关由张闻天、秦邦宪、王稼祥等人率领前往瓦密堡，主要任务是扩充红军，筹集粮食，以及为政治局会议作准备。于是，有了富县直罗镇战役的胜利，给党中央把全国革命的大本营放在西北，举行了一个奠基礼。二是当得知陕北苏区正在进行所谓的“肃反”，原陕甘根据地包括刘志丹、高岗、习仲勋、马文瑞在内的一大批军政领导被捕时，毛泽东当即指示“刀下留人，停止捕人”、“一切听候中央解决”。并迅速派刚刚担任中央保卫局局长的王首道等同志组成工作组，前往陕甘晋省委所在地瓦窑堡，调查处理肃反中的错误。后来很快查明事实真相，释放了刘志丹等人，还专门为刘志丹等人召开平反大会。毛泽东及时纠正了陕北错误肃反，保护了一大批干部，从内部挽救了西北根据地。

1935年12月17日至25日，中央政治局在瓦密堡召开会议，讨论政治形势和党的策略路线问题及军事问题。会议结合当时的形势，解决了长征途中、遵义会议上未能来得及解决的党在政治策略上存在的问题。会议通过了两个决议和会后毛泽东《论反对日本帝国主义的策略》的报告，完满解决了党的政治路线问题。

瓦窑堡会议后，中共中央、毛泽东高举抗日的旗帜，筹划出兵山西和缓远的决策，以达到红军与日本侵略者直接作战的目的。红军在1936年2月20日东渡黄河，历经75天，转战30多个县，连战连捷，所向无敌，然后胜利班师。此次东征唤起了人民，扩大了红军，筹备了物资。接着，以西北军事委员会主席毛泽东、副主席周恩来、彭德怀的名义发布红军西征命令，指挥西征军到外线作战，扩大和巩固革命根据地。

为了直接领导和巩固新的更大的西北根据地，争取东北军和西北军，1936年6月21日，毛泽东、周恩来、张闻天等率领中央党政军机关安全撤出瓦密堡，于7月11日抵达保安县城。毛泽东到达保安后，与秘密进入红区采访的美国记者埃德加·斯诺进行了多次交谈。斯诺后来写出了不朽之作《西行漫记》。该书成为毛泽东第一次向全中国和全世界发表谈话的大好时机，介绍了中国共产党人英勇悲壮的伟大创举。

震惊中外的“西安事变”发生后，中共中央和毛泽东采取慎重态度，经过多次讨论研究，提出和平解决的政策，促使蒋介石接受了停止“剿共”，联共抗日等条件，使“西安事变”和平解决。

1937年1月13日，毛泽东进驻延安后，住在城北凤凰山脚下的一个小院里。一直到1938年11月20日，因防止日本飞机的轰炸才搬到杨家岭。毛泽东在凤凰山居住期间，撰写了《中国共产党在抗日时期的任务》、《为争取千百万群众进入抗日民族统一战线而斗争》、《实践论》、《矛盾论》、《反对自由主义》、《论持久战》、《战争和战略问题》等许多著名文章，仅收入《毛泽东选集》的就有16篇。毛泽东在这里清算了张国焘另立中央、分裂党和红军的错误路线，接见了英国记者贝特兰、加拿大医生白求恩、美国作家史沫特莱、美国记者海伦·斯诺等外国友人。

抗日战争进入相持阶段后，日伪及国民党顽固派加紧对各抗日根据地进行军事和经济封锁。为了克服陕甘宁边区和其他抗日根据地的经济困难，毛泽东在1939年发出了“自己动手、丰衣足食”、“自力更生”的号召，一场轰轰烈烈的大生产运动正式开始。

与此同时，毛泽东还在延安领导了著名的“延安整风运动”。“延安整风运动”有深刻的历史背景，是全党进一步解决政治路线问题的迫切需要，是全党进一步确立党的指导思想的理论基础和端正党的思想路线的需要，是纠正当时存在于党内的几股不正之风，进一步加强党的思想作风建设和组织建设的需要:是在历史转折的关头，为了战胜当时遇到的严重困难，把革命由挫折推向胜利的需要。在毛泽东的领导下，“延安整风运动”有准备、有计划、有步骤地开展起来，经过了全党准备时期、普遍整风时期和总结党的历史经验时期三个阶段。经过“延安整风运动”，中国共产党用马列主义理论武装全党，坚持马列主义与中国革命实践相结合，树立起理论联系实际的革命学风和实事求是的思想路线，坚决纠正了党内存在的不正之风，增强了党性观念，加强了党的团结和统一，坚持“惩前毖后，治病救人”的方针，掌握批评和自我批评的武器，正确解决了党内存在的矛盾。

1943年10月，中共中央书记处由杨家岭迁往枣园。毛泽东在枣园居住期间，撰写了《学习与时局》、《论联合政府》、《关于重庆谈判》等许多文章，仅收入《毛泽东选集》的就有29篇。毛泽东在这里居住期间，领导了整风运动和解放区军民的大生产运动，筹备了中国共产党第七次全国代表大会，取得了抗日战争的最后胜利，并领导全国人民为争取民主团结、和平建国同国民党反动派进行了针锋相对的斗争。

1945年4月23日至6月11日，中国共产党第七次全国代表大会在延安杨家岭中央大礼堂举行。大会在整风胜利的基础上，使全党的认识在马列主义、毛泽东思想的基础上统一起来，达到了全党的空前团结。在大会上，毛泽东作了《论联合政府》的政治报告。刘少奇在《关于修改党章的报告》中，第一次对毛泽东思想下了准确、科学的定义:“毛泽东思想，就是马克思列宁主义的理论与中国革命的实践之统一的思想。”《关于修改党章的报告》第一次对毛泽东思想作了全面、系统、科学的概括与论述，代表全党肯定了毛泽东思想在中国革命中的历史地位和作用。“七大”通过的新的《中国共产党章程》，在总纲中也明确规定:“中国共产党，以马克思列宁主义理论与中国革命实践之统一的思想一一毛泽东思想，作为自己一切工作的指针。”“七大”制定了正确的路线、纲领和策略，为新民主主义在全国的胜利奠定了基础。

1945年6月19日，七届一中全会选举毛泽东、朱德、刘少奇、周恩来、任弼时为中共中央书记处书记，毛泽东为中共中央委员会主席。

抗日战争胜利后，蒋介石一方面抢夺胜利果实，另一方面假意和平，三次电邀毛泽东到重庆商谈和平建国事宜。为了揭穿蒋介石的阴谋，教育广大群众，毛泽东冒着生命危险，于1945年8月28日亲赴重庆，参加国共谈判，最后签订《双十协定》。国民党表面承认党派平等合作，避免内战等原则，并同意召开政治协商会议。10月11日，毛泽东在张治中将军的陪同下返回延安。

为了便于指导中央军委和人民解放军总部的工作。1946年1月，毛泽东由枣园迁住王家坪。这期间正值中国革命处于两种命运、两个前途决战的关键时刻。为了指导中国革命向胜利发展，毛泽东先后撰写了《关于目前国际形势的几点估计》、《集中优势兵力，各个歼灭敌人》、《迎接中国革命的新高潮》等17篇著作，收入《毛泽东选集》的有7篇。

然而，国民党假意和平，真心内战，加紧调兵遣将，积极准备内战。毛泽东在延安的土窑洞里运筹帷幄，一方面为了带领全党作好应付内战的准备，命令各解放区认真做好减租、生产、练兵三件大事，增强打破国民党进攻的实力，另一方面撰文揭露蒋介石的阴谋。1946年6月下旬，国民党军进攻中原解放区，全面内战爆发。在中共中央和毛泽东的战略指挥下，国民党军队连连受挫，全面进攻计划很快破产。

1947年3月，蒋介石不得不改变策略，收缩兵力，重点进攻陕甘宁边区和山东解放区。蒋介石调集国民党西安绥靖公署主任胡宗南所部34个旅共25万人的兵力，出动100架飞机，进攻陕甘宁边区，企图将中共中央机关和人民解放军总部一举摧毁。当时在陕北的人民解放军西北野战兵团只有6个旅2万多人，是国民党军兵力的1/10。中共中央和毛泽东决定暂时放弃延安。

1947年3月18日，毛泽东和周恩来撤离延安。3月29日至30日，毛泽东和中央书记处的其他几位书记在陕北清涧县召开会议，研究中共中央领导的分工和中央机关的行动。会议在郑重讨论后决定:毛泽东、周恩来、任弼时率中共中央精干机关留在陕北，指挥全国各战场作战，刘少奇、朱德和一部分中央委员组成以刘少奇为书记的中共中央工作委员会，到华北进行中央委托的工作。从此，毛泽东踏上了转战陕北的道路。当时为了保密，有人提议领导人都使用化名，得到毛泽东的赞成。毛泽东说:“我们是正义之师，一定会得到胜利，我就叫李得胜。”周恩来说:“我们的事业一定会成功，我就叫胡必成吧。”毛泽东说:“那好，任弼时是司令，就叫史林，陆定一是政委，就叫郑位吧。”此后，这些化名一直使用到全国解放战争前夕。

在撤离延安后的一年多的艰苦转战中，毛泽东行程2000华里，路经延安、延川、清涧、子长、安塞、靖边、横山、子洲、绥德、佳县、米脂、吴堡12个县，居住过37个村镇，极大地鼓舞和增强了陕甘宁边区和全国各解放区军民的战斗意志和胜利信心。

在西北战场节节胜利的形势下，为更好地指导指挥全国解放战争，创建新中国，党中央、毛泽东告别了曾经战斗和生活了13个春秋的陕甘宁边区，于1948年3月23日在陕北吴堡县川口村东渡黄河，前往华北解放区。毛泽东抵达东岸后，走上高高的石砭，依依远眺莽莽起伏的群山，深情地说：“陕北是个好地方！”

1949年9月30日，陕甘宁边区以主席林伯渠、代主席刘景范和副主席杨明轩的名义致电北京，热烈祝贺中央人民政府成立。

10月26日，毛泽东亲切复电:“延安的同志们和陕甘宁边区的同胞们:接到你们的贺函使我十分愉快和感谢。延安和陕甘宁边区从1936年到1948年曾经是中国人民解放斗争的总后方。延安和陕甘宁边区的人民对于全国人民是有伟大贡献的，我预祝延安和陕甘宁边区的人民继续团结一致，迅速恢复战争的创伤，发展经济建设和文化建设。我并且希望，全国一切革命工作人员永远保持过去10年间在延安和陕甘宁边区的工作人员所具有的艰苦奋斗的作风。”

1997年1月13日，中共中央进驻延安60周年纪念日，延安人民在延安纪念馆广场举行了隆重的毛泽东铜像揭幕仪式。5米高的毛泽东铜像屹立在3.15米的中国红大理石基座上，双手插腰，极目远望，既有高大伟岸的气派，又有指点江山的神韵，略有褶皱的中山装，体现了他艰苦朴素的风貌。正如1936年东征期间，毛泽东在陕北清涧县袁家沟即景生情，壮怀激烈，吟颂的《沁园春·雪》时一样：

江山如此多娇

引无数英雄竟折腰

惜秦皇汉武

略输文采

唐宗宋祖

稍逊风骚

一代天骄

成吉思汗

只识弯弓射大雕

俱往矣

数风流人物

还看今朝